El laboratorio de Procesos Biotecnológicos realiza investigación y formación de recursos humanos en investigación a través de la producción de derivados de la fermentación como: enzimas (fructanasas, celulasas, pectinasasa, xilanasas), ácidos orgánicos (succínico, propiónico, láctico, acético, etc.), biocombustibles (hidrógeno y metano), bioplásticos como polihidroxibutirato, ácido hialurónico con amplia variedad de aplicaciones biomédicas, y bebidas fermentadas (tepache, yogurt, etc.) mediante el uso de microorganismos (bacterias, levaduras, hongos, algas, etc.) a partir de desechos agroindustriales como mango, piña, cítricos, papel, etc.
Particularmente, los desechos de la industria tequilera como las hojas de agave, el bagazo y las vinazas tequileras son un importante problema de contaminación en la región de Jalisco y pueden ser utilizados como sustrato para obtener productos alto valor agregado por fermentación. Otra de las actividades relevantes que se realizan son la instrumentación, automatización y control de bioprocesos avanzados (digestores anaerobios, CH4 y fermentación obscura, H2) para la valorización de residuos de la industria tequilera, que se aplican en el tratamiento de aguas residuales y la eliminación de contaminantes, así como, el desarrollo de técnicas avanzadas.